天明之后，洪承畴率领大军进驻麻城县，但这时的麻城县里，己是一遍狼藉，到处都是尸体，有商家军的，也有清兵的，但更多的却是县里的百姓。原来攻下了麻城县之后，清军就开始在县城中大肆杀戳，抢掠，只要见到活人，跟本就不问清红皂白，一率杀死。其实不仅仅是麻城县，在攻破黄安、罗田县之后，清军同样也都进行了屠城。
在清军未入关之前，攻下明朝的城地之后，进行屠城是家常便饭，不过在入关之后的初期，因为安稳人心，这种行为减少了许多。而在南侵己后，由于受到商家军的有力抵抗，在另一时空里发生过的“扬州十日，嘉定三屠”等惨剧，也都没有出现。但随着清军攻占南京，深入南方各地，屠城戳地的事情，也开始越来越多了起来，尽管没有达到“扬州十日，嘉定三屠”这么大的规模，但除了商家军占领的江浙一带地区之外，在湖广、江西、福建、广东等地的杀戳，也并不比另一时空里差多少。
而在湖北地区的屠杀，还有另一层目地，就是对商家军进行疯狂报复，以及对依附商家军的百姓进行恐吓。而这也是清军惯用的手段。虽然湖北地区的人口并不多，但被清军屠杀的百姓也接近十万。
尽管洪承畴对清军的这种用屠杀百姓来进行恐吓统制的行为并不赞同，但也知道自己并不能阻止，而且洪承畴也承认，在短时间，这确实是最有效果的方珐，因此也只就睁一眼闭一眼算了。而且现在要让他操心的事情太多了。
虽然清军在湖北战区己经取得了巨大的胜利，但付出的代价同样也不小，共计阵亡的人数己经超过了五万，加上前前后后一共修筑了大小堡垒近四百多个，也消耗了大量的人力物力，可以说清军现在也己是筋疲力尽，必须要经过一段时间的修整才行。
不过洪承畴也知道，尽管商家军失去了全部的地盘，但躲进大别山里的余部还有不少人马，而大别山区连续数百里，山高林密，山路崎岖复杂，商家军又占据了险要之地，这正是商家军最喜欢作战的地区。而且清军的堡垒围攻战术在山区实施的难度也大得多。同时洪承畴也从李本深那里得知，这本来就是商家军的战略，利用大别山广大的山区，继续和清军周旋，等待着反攻的时机，在大别山里也准备了许多物资弹药。因此清军征剿商家军的战斗，还并不能说取得了全面的胜利。
当然如果仅仅只是湖北的战局，洪承畴到还并不怎么担心，因为现在清军在湖北地区还有近十万大军，虽然不能占领大别山，但封锁出山的要路，还是做得到的，因此只用慢慢的围困，也能把商家军给耗死在大别山里。但问题是商家军的渡海突袭盛京，却始终是洪承畴心头压着的一个巨大阴影。
而洪承畴也知道，这个阴影早晚都要来的。一但发生，清军在湖北地区，仍致整个南方的优势，都有可能全部化为乌有。自己这次南方督师的结果，恐怕也只能以失败收场。毕竟总会有一个人来承任这个责任，多尔衮当然不会承担，多铎也不会，勒克徳浑份量不足，那么也只有轮到自己头上了。
但尽管洪承畴知道这个结果，偏偏什么事情都做不了，只能等着结果到来。当然现在还是有许多事情要做，无论是回兵北京，还是继续进次湖北，首先是要休整部队，其次是现在时间充裕了，也可以从李本深嘴里多了解一些商家军的情况。因为这一战之后，商毅恐怕将真正成为可以与清廷正面抗衡，甚致是争夺天下的势力，那么对商毅，以及商家军的情况了解得越多，越透澈，对清廷也就越重要，同时这也是洪承畴日后有机会东山再起的资本。
李本深投降了之后，又帮着洪承畴劝降了一些其士兵，现在投降淸廷的商家军士兵一共有二十七人，洪承畴也把这些人全都交给李本深带领，并且打算以这批人为班底，按照商家军的方法重新训练士兵。
不过这批降兵中，老兵不多，加上李本深一共也只有四个人，其他都是商家军到湖北之后才招募的士兵，而中高级军官更少，除了李本深之外，官职最高的也就是一个副连长，因此洪承畴也觉得还不够。在这一次战斗，清军又俘虏了不少商家军的将士，其中还有一个团长，洪承畴也想从这一批俘虏里招降一些人过来，由其是赵岳。洪承畴也打算不惜一切代价招降。
于是洪承畴立刻把李本深找来，道：“本深，你对这个赵岳熟悉吗？”
李本深点了点头，道：“末将知道，赵岳本是明朝卫所千户，驻守天津卫，在崇祯十七年…不，是顺治…顺治元年(1644年)，商毅袭取北京时，投靠了商毅。这几年也立下了不少战功，很受李定国赏识，末将升任了二十二旅旅长之后，李定国本打算委他出任末将的副手，任二十二旅副旅长，但他却宁愿低一级，出任正职，也不想当副长，因此李定国才让他担任十四团团长，而这十四团，就是当初李定国发家的地方。”
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