外务部，则负责对外的联系，外交与商贸。乃是外交、商务、统战和对外联络的综合机构。
安全部，则负责冯云山的保护工作；对中华复兴会所辖百姓的保护；对各类案犯、奸细间谍的抓捕缉拿，以及对敌人的破坏与暗杀活动。
教化部，则负责教化中华复兴会中兄弟和所辖百姓，发展教育和医疗卫生。
工匠部，则负责占领区的一切建设，发展房屋、交通、水利、矿场以及其他设施。
所有圣教会众，自动转为中华复兴会会员。
本来，冯云山只想将圣军编制整编改革一下，但随着他与手下的讨论和自己的思索，发现不改编圣教，便无法改编在圣教基础上成立的圣军。
圣教的改动，影响实在是太大，但冯云山已经意识到，随着太平军的进一步攻占南京城，建立起稳固地太平天国地方政权，依照洪秀全和杨秀清两人的性子，迟早跟原来的历史上一样，会实行一些天怒人怨的民间政策，尤其是禁止百姓有私有财物，所有一切要上交圣库，以及灭绝一切其他宗教、焚烧一切其他书籍的行为，导致民心大失。
因此，冯云山决定改组圣教，与将太平天国名声彻底搞坏的洪杨等人划清界限。
反正，理由已经找好了，天地会“逼”着自己这样做的！只要给自己一些时间，发展起来，便彻底不用与洪杨两人虚与委蛇。
紧接着，冯云山又宣布，废除原来的“太平圣军”称号和一切圣军有关编制、职务，设立“中华讨虏军”。
冯云山将中华讨虏军军制，在采用后世普鲁士和北洋军阀三三制军制的基础上，又稍微做了些修改。
随后，冯云山颁发了《中华讨虏军编制章程》。
《章程》首先规定了讨虏军的军制。
最基层的军队编制为班，最大编制为军。
由下往上依次为班、排、连、营、团、旅、师和军。
《章程》规定，中华讨虏军由中华复兴会唯一指挥，会长冯云山是最高统帅。
为加强中华复兴会对讨虏军的指导，连以上的建制单位，都必须成立分会，由上一级建制单位指派会员担任专职指导员，协助主官抓好军队的军事建设。
连、营级设对应级别的指导员，团级以上设中华复兴会执行委员，简称执委，主官本单位内的中华复兴会内部事宜，负责本部官兵的晋升、提拔等，位高权重，仅次于团长等职务。
班：士兵10人，加上正副班长，共计12人。
排：三个班为一排，加上正副排长，共计38人。
连：三个排为一连，每连设立连部，含连长、指导员、副连长、司务长、传令兵和医护员、文书等人，并且每个战斗连都还配有8人的炊事后勤班，人数总共在130人。
营：三个连为一营，每营设立营部，含营长、指导员、副营长、传令兵和文书，还有5人编的营警卫班，共400人。
团：三个营为一团，每团都设立团部，含团长、团执委、副团长、团副执委、团参谋长以及几名传令兵和文书，还有直属团部的警卫排38人，侦查排30人，2个医护班20人，共1300人。
这是标准步兵团的编制。另根据武器装备和战斗需要，成立特殊作战任务的炮兵团、工兵团、辎重团等编制，人员则根据具体需要。
旅：旅又分为甲等旅和乙等旅两种，甲等旅含四个团，乙等旅含三个团。
旅部内有旅长、旅执委、副旅长、旅副执委、旅参谋长、副参谋长等人，并在旅一级编制中设立参谋部，分为作战组、情报组、作训组、军需组等，内有几十名参谋，负责整理战斗情报信息，为旅长提供资料并提出作战建议，由旅参谋长主管。
旅部内还设有直属的警卫连、侦查连、传令排、医护班、炊事后勤班等。
甲等旅约5700人~6000人。乙等旅4500人。
另外，还预留混编旅的编制，等日后中华讨虏军中有大量野战火炮后，在甲等旅中再加入炮兵团、爆破连、工兵团等编制，届时，混编旅将达到8500~10000人的规模。
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