商毅立刻组织了一支四十艘船组成的运输船队，火炮二百门，其中重型火炮四十门，包括二门三寸六分重型青铜野战炮，中型火炮六十门，轻型火炮一百门。雷霆战车四十辆，煫发步枪三千支，线膛枪六十支，手榴弹二万枚，火箭炮发射箱五百个，孑弹三十万发，火帽二十万个。几乎把目前杭州积累的军火用去了六成以上，另外还有三万石粮食。而这支运输船队由西班牙雇佃军舰队担任护航。
同时商毅也写信告诉周少桓等人，对別的地方势力，以好言答对，但绝不归附于任何一方，同时守好自己的防区，不要去理睬别人怎么闹腾，但对进犯自己地界的人，则要毫不客气的给予迎头痛击。对清军则更不留情，只要是在山东范围以内，趁着清军的大军还沒有到，狠狠打击一下清军，最好能先打几个漂亮的胜仗，扬一扬商家军的军威，同时商毅在南方，也能够在舆论上占得先机。
而对其他抵抗清军的武装力量，将以团结为主，尽可能和他们处理好关系，携手合作，甚致还可以给予其一定后支援，共同抵抗清军。但合作关糸也并非全无原则，商毅经过了认真思考，制定了三条原则：
一是合作原则，即双方以平等身份，沒有上下从属关系，共同合作抵抗清军。对这样武装力量，商家军主要以情报消息同享为主，也可以配合其作战，但双方各守自己的地盘，基本互不干涉，主要的战斗还是以自己为主，不可与其合作太深，并且对他们保持一定的警惕性，要预防对方突然投降清军。如果对方需要武器、物资，在一般情况下，都要支付一定的报酬。
二是依附原则，即对方依附于商家军，保持自己力量的整体性和独立性的情况下，听从商家军的命令调派，但不接受商家军的人事安排和对军队的重新整编。对这样的武装力量，在确保对方能服从命令和较好的完成作战任务的前提下，可以给予必要的物资支援和一定的武器支援，但也要对其有所预防，不能完全绝对信任。同时可以通过帮助他们训练指导等手段，拉陇分化对方的基层士兵，使其逐步完全倒向商家军的一方来。
三是完全归降，对这样的武装力量，将按目前商家军的招兵训练考核标准，重新整编训练，并且和商家军的其他士兵享有同样的待遇。
这三条原则不仅仅是适用于山东地区，同时也适用于以后其他的各支独立作战的商家军。
山东战区的安排处理完之后，商毅也着手布置迎战西班牙舰队的事务。这一次商毅也不打算仍然守在浙江，等着别人打上来，而是主动出击，以基隆为基地，在台湾附近的海面上，给西班牙舰队一个迎头痛击，御敌于国门之外。因为这一次西班牙军的实力并不强，而商家军的海军也有足够的力量，只是缺少实战经验，正好可以拿西班牙军来练练手。
当然商毅也不是对方出动二十艘船进攻，自己就派出三十条船迎战的人，而是要充份发挥商家军船多的优势，以压倒性的力量，一举击溃西班牙军队，同时也震慑一下荷兰人。
因此商毅和亚莉桑徳拉经过一番研究之后，也做出决定，将出动第一、第二、第三、第四这么四艘分舰队出战，而又以一、二、三分舰队为主战舰队，第四分舰队为预备队，第五分舰队将保卫运输船队，保证整个作战队伍的后勤物资供应。同时还出动五艘飞剪船，做为侦察船用。
就在六月三日，商毅和亚莉桑德拉蹬上“银河”号，带领着商家军的舰队，扬帆出发了，驶向台湾，迎来了商家军海军的第一战。
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