在对日本本土重要城镇、工业区和军事设施进行大轰炸的同时，东北军空军部队和海军潜艇部队还在日本列岛周边海域和重要海运航线通道上投放布设了大量水雷，着手全力封锁日本岛与外界的水运航线，继续扼杀着日本的战争潜力和国民经济。同时张学良批准了海军副总司令沈鸿烈上将的申请，东北军的潜艇在“不暴露自身身份”的情况下可以直接攻击运送物资驶向日本岛的美英苏法等国轮船。
在这一系列雷霆手段的打击下，仅仅一个多月，日本的战时经济就开始陷入了山穷水尽的地步：炼油工业生产总量急剧下降了90%，因为此时日本国内石油储备由于全国被封锁而逐步宣告枯竭，工厂无油可炼；钢铁和重要金属的产量则下降66%，导致日本各炼钢公司不得不大量购买军队的废旧军舰进行回炉精炼；军用飞机产量每月已经不到500架，而战车坦克的月生产量更加已经接近停产；全日本2700多家主要的军事工厂不是被彻底炸毁烧毁就是遭到了严重破坏，加之日本国内一直没有解决的粮荒、火灾问题，东北军对日战略轰炸已经取得了初步效果。
9月9日夜里，为了报复东北军，日本海军联合舰队总司令山本五十六大将根据东京军部大本营的指示，派遣了十六艘“伊”型潜艇秘密出发驶往仁川港口，试图将停泊在军港内的东北军“明祖”号航空母舰给击沉。但潜艇部队不幸在格列飞群岛处被东北军海军的探测声纳给发现，一番激烈的海战后，七艘日军潜艇接连被东北军驱逐舰和海军航空兵给击沉，剩余的九艘不得不狼狈逃窜返回位于台湾高雄的日本华南海军基地。
“目前，帝国本土的石油储量还足够六个月使用，假如节约使用，则可能维持十个月至一年。而这段时间内，在华皇军尚有能力打通华南至西南和中南半岛的陆上交通干线，继而向英法所控制之东南亚诸国购买石油以及橡胶、矿物。”十五日上午召开的皇宫御前会议上，首相近卫文磨正尽着最大努力地将目前日本所陷入的险恶局势说的乐观光明一点，他又补充道，“另外在此期间，帝国政府亦可出动部分海军舰队护卫海上航线，维持帝国进出口贸易的继续，从而减缓国内粮食、石油的需求压力。”
农林大臣铃木贯太郎接着启奏道：“关于国内由于满洲军大肆投放植物枯萎剂和气球炸弹而导致的粮食减产问题亦有办法解决。帝国由于得天独厚四面环海，只要政府号召沿海渔民加大力度捕捞鱼虾、海藻以食用并输送往全国粮食短缺之地即可，以海产品取代大米粮食并提供动物蛋白和必须营养。而在华皇军则可加大对占领地之征粮力度以达到‘以战养战’，因此征战支那之九十万皇军在粮食需求上不会成为帝国的额外负担。”
众人纷纷各抒己见，讲述日本的困难和“应对之策”。裕仁天皇却默不作语，他缓缓扫射着下面群臣，待现场安静后他微微怅然地开口道：“诸卿啊，朕近日来痛定思痛、再三踌躇，鉴于日华两国战争潜力之悬殊，纵然继续战争亦只徒增帝国皇民无辜涂炭矣。朕自觉万千愧对于先皇圣灵及亿兆子民，因而朕意欲与中国政府和平谈判以体面结束战争。不知诸卿意下如何？”
众臣大哗，继而面面相觑。陆相东条英机大将试探闻讯道：“臣斗胆觊窥妄揣圣意，敢问陛下意欲以何条件与支那政府和谈结束‘圣战’？”
裕仁的眼神略有些迷蒙，他声音飘渺地淡然道：“若能掌控上海、台湾、海南三地在帝国之手并维持帝国在华优惠条约，那皇军未尝不可退出华东、华南、西南之全部占领地，以慨然之牺牲退步换取日华和平。”
“陛下万万不可呀！”陆军航空兵总监兼参谋本部次长和日本华东派遣军参谋总长阿南惟几大将泣泪出拜启奏道，“‘大东亚圣战’事关大和民族之兴旺盛衰，如此千秋大业岂能半途而废？事已如此，夫复何言？宁为玉碎不为瓦全，不死不休矣！吾等唯有毅然捍卫神州圣土，将‘圣战’进行到底！即便啖草茹泥、匍匐山野，七生七世亦要坚决战斗，坚信死地自有活路！陛下请恕臣直言，堂堂大日本帝国焉有百万大军在握，却与敌苟且媾和之理？”说完最后这句话时，阿南惟几近乎声色俱厉、话音铿锵有力。
“陛下，阿南卿言之有理。”东条英机也再次上前附和道，“陛下请三思！即便武汉国民政府愿意与帝国和谈，但支那顽固反日之满洲军张学良及支那‘北盟’集团亦不会善罢甘休，其必然继续与帝国对抗顽战下去。日华之和平，唯有帝国征服支那之时方实现也！请陛下明察！”
“东条陆相与阿南次长所言甚是！请陛下圣断！”众人皆俯首告道。
裕仁眼神复杂地看着全部拜倒的众臣，在心里轻轻地叹息了一声。
东北军“秦皇”号等四艘航空母舰的完工服役以及东北军“飞豹”战机对日本本土实施的大轰炸都让参战的各路中国军队士气大振，看到胜利曙光的国军各部在排山倒海的反击战中个个奋勇争先且战斗力倍增；反观日军，士气和开战初相比已经远远大不如从前，加上军粮医药、军用燃油、军械零件等各方面重要物资的严重缺乏而导致战斗力锐减。这样进入九月后，中日双方的攻守形势逐渐扭转过来，日军从一开始的全面进攻已经转变成了全面防御，继而又更加退化为了点线防守。面对国军强大的反扑攻势，日军开始被迫放弃广大的农村乡镇地区，只能坚守重要城市并依托铁路交通线来维持在占领区的统治。一时间，三大战区内的大片沦陷国土得以不断光复，日军占领地面积不断缩小。而此时的东北军为了更好地全面包围封锁住在华日军和国民政府，开始把战争目光投向了台湾岛和海南岛。
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